Antartika’da kayıp şehir Atlantis’i arayan bilim adamları yeni bir bilgiye ulaşırlar. Dr. Rodney (David Hawlett) yeni bir simge bularak Atlantis’in aslında Pegasus Galaksi’sinde olduğunu keşfeder. Diziye adını da veren stargate Atlantis yolculuğuna çıkma kararını verirler.
Ekibin başı Dr. Elizabeth Weir’dir. (Torri Higginson) Yardımcısı Dr. Carson Beckett (Paul McGillion) ve başka milletlerden bilim adamlarıyla yola çıkarlar. Yanlarına güvenliklerini sağlamaları için bir grup asker de alırlar.
Doktor Elizabeth ve ekibinin amacı Atlantis’in bütün gizemini çözmektir. Atlantis, büyük güçlere sahip kadim ırklar tarafından yapıldığı için yeni teknolojiler ve bilgiler edinmek istiyorlar.
Atlantis yolculuğu ekip için zor olacaktır. Onları nelerin ve kimlerin karşılayacağını bilmeden yolculuk yapacaklardır. Geriye dönüş şansları ise orada bulacakların teknolojiye bağlıdır.